RIV/68378050:_____/09:00317965 - Methods for viral RNA isolation and PCR amplification for sequencing of near full-length HIV-1 genomes (2009)
| Údaje o výsledku | |
| Identifikační kód | RIV/68378050:_____/09:00317965 |
| Název v původním jazyce | Methods for viral RNA isolation and PCR amplification for sequencing of near full-length HIV-1 genomes |
| Název česky | Metody RNA isolace a PCR amplifikace pro sekvenaci téměř celých genomů HIV-1 |
| Druh | J - Článek v odborném periodiku |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor | EB - Genetika a molekulární biologie |
| Rok uplatnění | 2009 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů |
| Počet výskytů výsledku | 1 |
| Tvůrci výsledku | |
| Počet tvůrců celkem | 4 |
| Počet domácích tvůrců | 1 |
| Tvůrce | Kemal K. S. (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) |
| Tvůrce | Reiniš Milan (státní příslušnost: CZ - Česká republika; A - domácí tvůrce; G - garant výsledku) |
| Tvůrce | Weiser B. (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) |
| Tvůrce | Burger H. (státní příslušnost: US - Spojené státy americké) |
| Údaje blíže specifikující výsledek | |
| Popis v původním jazyce | HIV-1 in plasma represents the viral quasispecies replicating in the patient at any given time. Studies of HIV-1 viral RNA from plasma or other body fluids therefore reflect the virus present in real time. To obtain near full-length genomic sequences derived from virion RNA it is first necessary to carefully isolate and amplify the RNA.The procedure described below, involves viral RNA extraction, reverse transcription (RT) of the extracted RNA to produce cDNA copies, and PCR amplification of long HIV-1 gene fragments using site-specific, overlapping primers. The primers are based on subtype B HIV-1 strains, and plasma specimens are used in the procedures. However, the protocol can easily be adapted to other HIV-1 subtypes by modifying the primers to match the subtype of interest. |
| Popis česky | HIV-1 se replikuje v plasmě v průběhu virové infekce. Studia RNA z plasmy a dalších tělních tekutin proto reflektuje varianty viru v reálném čase. K získání genomových sekvencí odvozených z virové RNA je nutno nejprve amplifikovat RNA. V tomto článku jsou popsány metody RNA extrakce, její reversní transkripce na cDNA a amplifikace dlouhých DNA fragmentů za použití sady specifických primerů tak, aby vznikaly vzájemně se překrývající fragmenty DNA. Primery byly odvozeny ze sekvencí HIV-1 subtypu a metodika optimalizována na isolaci vzorků z plasmy. Nicméně protokol může být snadno upraven modifikacím použitých primerů na studium dalších HIV-1 subtypů. |
| Klíčová slova | HIV-1 viral RNA; HIV-1 primers; long RT-PCR |
| Název periodka | The Nucleus, Volume 1: Nuclei and Subnuclear Components |
| ISSN | 1064-3745 |
| Svazek periodika | 485 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | - |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 12 |
| Údaje o tomto záznamu o výsledku | |
| Předkladatel | Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. |
| Dodavatel | AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR) |
| Rok sběru | 2009 |
| Systémové označení dodávky dat | RIV09-AV0-68378050/01:1 |
| Datum dodání | 20.8.2009 |
| Specifikace | RIV/68378050:_____/09:00317965!RIV09-AV0-68378050 |
| Kontrolní kód | [F581626ABF79] |
| Jiný výskyt tohoto výsledku se v RIV nenachází | |
| Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl | |
| Výzkumný záměr | AV0Z50520514 - Molekulárně genetické a buněčné základy klíčových biologických procesů: genová exprese, onkogeneze, replikace virů, imunita a vývoj organismů (2005-2011, AV0) |
Tuto aplikaci pro Radu pro výzkum, vývoj a inovace provozuje Výpočetní a informační centrum Českého vysokého učení technického v Praze. Vyvíjí InfoScience Praha s.r.o.. Verze aplikace 1.6.15. Datové schéma ISVAV_WEB5_00304.
Podpora uživatelů na e-mailové adrese 
nebo telefonním čísle 224 234 797 (v pracovních dnech 8-16 hod.).
nebo telefonním čísle 224 234 797 (v pracovních dnech 8-16 hod.).