• česky
  • english

NT14539 - XGENE.ORG -- veřejný nástroj integrované analýzy transkripčních, miRNA and metylačních dat (2013-2015, MZ0/NT)

Údaje o projektu
Identifikační kódNT14539
Důvěrnost údajůS - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
Název v původním jazyceXGENE.ORG -- veřejný nástroj integrované analýzy transkripčních, miRNA and metylačních dat
PoskytovatelMZ0 - Ministerstvo zdravotnictví (MZ)
ProgramNT - Resortní program výzkumu a vývoje Ministerstva zdravotnictví III (2010-2015)
Kategorie VaVNV - Aplikovaný výzkum s výjimkou průmyslového výzkumu (tzv. "neprůmyslový výzkum")
Hlavní oborIN - Informatika
Vedlejší oborEB - Genetika a molekulární biologie
Zahájení řešení1.5.2013
Ukončení řešení31.12.2015
Datum posledního uvolnění účelové podpory21.3.2014
Číslo smlouvyNT14539-3/2013
Poslední stav řešeníK - Končící víceletý projekt, tj. projekt, který byl řešen již v předcházejícím roce, příslušný rok sběru dat je posledním rokem účinnosti smlouvy resp. vykonatelnosti rozhodnutí o poskytnutí podpory
Finance projektu
Období201320142015celkem
Výše podpory ze státního rozpočtu1 213 tis. Kč1 732 tis. Kč1 738 tis. Kč4 683 tis. Kč
Celkové uznané náklady1 213 tis. Kč1 732 tis. Kč1 738 tis. Kč4 683 tis. Kč
Typskutečně čerpanéskutečně čerpanépřidělené
Druh soutěžeVS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
Veřejná soutěž ve výzkumu, vývoji a inovacíchSMZ0201301 - Veřejná soutěž (MZ0/NT)
Cíle řešení v původním jazyceProjekt významně funkčně rozšiřuje stávající podobu veřejného XGENE.ORG web nástroje s cílem umožnit kombinaci a souhrnné vyhodnocení uživatelských mRNA, miRNA a metylačních dat se současným využitím všech vhodných zdrojů strukturované genomické znalosti. Kromě nástroje budou výstupem i výsledky dosažené ve spolupráci s konkrétními pracovišti zabývajícími se myelodysplastickým syndromem a tumory zárodečných buněk. Jádrem řešení budou pokročilé algoritmy relačního strojového učení a stochastické optimalizace, statistické metody a moderní metody pro tvorbu webových aplikací. Konkrétními výstupy nástroje budou 1) biologicky snadno popsatelné vzory ve tvaru množiny nebo anotované sítě specifických příbuzných elementů typu gen, bílkovina, miRNA sekvence nebo metylační ostrůvek spojených s konkrétní charakteristickou množinou biologických vzorků a 2) prediktivní modely určující neznámý fenotyp vzorku se známými hodnotami měřitelných molekulárních markerů.
Klíčová slova v anglickém jazycemachine learning; data mining; web application; data integration; gene expression; methylation; microRNA; myelodysplastic syndrome; germ cell tumor
Rok dodání údajů do CEP2015
Systémové označení dodávky datCEP15-MZ0-NT-R/01:1
Datum dodání záznamu22.1.2015
Účastníci projektu
Počet příjemců1
Počet dalších účastníků projektu1
Příjemce / Organizační jednotka garantující řešeníČeské vysoké učení technické v Praze / Fakulta elektrotechnická
ŘešitelIng. Jiří Kléma, Ph.D. (státní příslušnost: CZ - Česká republika; fax: 3111261; vedidk: 5879523)
Další osoba podílející se na řešeníBc. Michael Anděl (státní příslušnost: CZ - Česká republika; vedidk: 6816045)
Další osoba podílející se na řešeníIng. Matěj Holec (státní příslušnost: CZ - Česká republika; vedidk: 6767834)
Další osoba podílející se na řešeníIng. Pavel Strnad, Ph.D. (státní příslušnost: CZ - Česká republika; vedidk: 9198024)
Další osoba podílející se na řešenídoc. Ing. Filip Železný, Ph.D. (státní příslušnost: CZ - Česká republika; vedidk: 5523036)
Další účastník projektuÚstav hematologie a krevní transfúze
ŘešitelMgr. Monika Beličková (státní příslušnost: CZ - Česká republika; vedidk: 9130969)
Další osoba podílející se na řešeníIng. Zdeněk Krejčík, Ph.D. (státní příslušnost: CZ - Česká republika; vedidk: 3705978)
Další osoba podílející se na řešeníMgr. Jitka Veselá (státní příslušnost: CZ - Česká republika; vedidk: 4368665)
Finance účastníků projektu
Poznámka: Finance účastníků projektu jsou sledovány od roku 2007, investiční prostředky od roku 2013
Celkové uznané náklady
Účastník201320142015
České vysoké učení technické v Praze / Fakulta elektrotechnická921 tis. Kč1 328 tis. Kč1 328 tis. Kč
Ústav hematologie a krevní transfúze292 tis. Kč404 tis. Kč410 tis. Kč
Výše podpory ze státního rozpočtu
Účastník201320142015
České vysoké učení technické v Praze / Fakulta elektrotechnická921 tis. Kč1 328 tis. Kč1 328 tis. Kč
Ústav hematologie a krevní transfúze292 tis. Kč404 tis. Kč410 tis. Kč
Investiční prostředky z podpory ze státního rozpočtu na účastníka v daném roce
Účastník201320142015
České vysoké učení technické v Praze / Fakulta elektrotechnická0 tis. Kč0 tis. Kč
Ústav hematologie a krevní transfúze0 tis. Kč0 tis. Kč
Výsledky projektu v RIV
Očekávané výsledky projektu
J - Článek v odborném periodiku3
D - Článek ve sborníku3
R - Software1
Počet výsledků v RIV5
Výsledek druhu JRIV/68407700:21230/14:00213328 - Genotoxicity but not the AhR-mediated activity of PAHs is inhibited by other components of complex mixtures of ambient air pollutants (2014)
Výsledek druhu DRIV/68407700:21230/14:00214309 - Knowledge-based Subtractive Integration of mRNA and miRNA Expression Profiles to Differentiate Myelodysplastic Syndrome (2014)
Výsledek druhu DRIV/68407700:21230/14:00218532 - miXGENE tool for learning from heterogeneous gene expression data using prior knowledge (2014)
Výsledek druhu DRIV/00023736:_____/14:00011259 - Network-constrained forest for regularized omics data classification (2014)
Výsledek druhu DRIV/68407700:21230/14:00221458 - Network-Constrained Forest for Regularized Omics Data Classification (2014)