| | |
|---|
| Údaje o projektu |
| Identifikační kód | IAA400550702 |
| Důvěrnost údajů | S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů |
| Název v původním jazyce | Spektroskopické a teoretické metody pro studium nekovaletních molekulových interakcí |
| Poskytovatel | AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR) |
| Program | IA - Granty výrazně badatelského charakteru zaměřené na oblast výzkumu rozvíjeného v současné době zejména v AV ČR (1991-2013) |
| Kategorie VaV | ZV - Základní výzkum |
| Hlavní obor | CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie |
| Vedlejší obor | BO - Biofyzika |
| Zahájení řešení | 1.1.2007 |
| Ukončení řešení | 31.12.2010 |
| Datum posledního uvolnění účelové podpory | 9.3.2010 |
| Číslo smlouvy | IAA400550702 |
| Poslední stav řešení | U - Ukončený projekt, tj. jednoletý nebo víceletý projekt, který skončil v předcházejícím roce, v příslušném roce sběru dat jsou dodány údaje vztahující se k jeho ukončení |
| Finance projektu | |
| Období | 2007 | 2008 | 2009 | 2010 | celkem |
|---|
| Výše podpory ze státního rozpočtu | 1 277 tis. Kč | 1 277 tis. Kč | 1 277 tis. Kč | 1 277 tis. Kč | 5 108 tis. Kč |
| Celkové uznané náklady | 1 277 tis. Kč | 1 277 tis. Kč | 1 277 tis. Kč | 1 277 tis. Kč | 5 108 tis. Kč |
| Typ | skutečně čerpané | skutečně čerpané | skutečně čerpané | skutečně čerpané |
|
| Druh soutěže | VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji |
| Veřejná soutěž ve výzkumu, vývoji a inovacích | SAV02007-A - Veřejná soutěž (AV0/IA) |
| Cíle řešení v původním jazyce | Budou vyvinuty experimentální a teoretické postupy pro molekulární modelování a interpretaci spekter, které umožní lépe porozumět chování molekul ve vybraných oblastech organické chemie a molekulární biologie. Výpočetní metody budou založeny na kombinaci klasických a kvantových metod. Aplikace zahrnují určení vztahu mezi flexibilitou a reaktivitou nových cukerných derivátů, strukturní studie nanomolekulárních komplexů peptidů a porfyrinů s potenciálním využitím v lékařství, peptidů prionového typu a komplexy nukleových kyselin s anti-rakovinnými léčivy. Projekt využívá výhody mnoha technik a kombinuje zkušenosti pracovníku Vysoké školy chemicko-technologické, Karlovy Univerzity a Ústavu organické chemie a biochemie. Předpokládá se i spolupráce s První lékařskou fakultou v Praze a zahraničními laboratořemi. Do projektu bude zapojeno 11 studentů. |
| Klíčová slova v anglickém jazyce | molecular modeling; vibrational spectra; nuclear magnetic resonance; optical activity; ab initio; quantum mechanics; molecular dynamics; porphyrins, saccharides; nucleic acids |
| Hodnocení výsledků | V - Vynikající výsledky (s mezinárodním významem apod.). Zároveň byly splněny cíle a předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory. |
| Zhodnocení výsledků řešení česky | Projekt přinesl 45 impaktovaných publikací, počítačové programy, a 4 PhD. práce. Hlavním výsledkem jsou nové chirální metody, experimentální a teoretické postupy, použitelné v strukturních studiích. V projektu se osvědčila účast více pracovišť. |
| Rok dodání údajů do CEP | 2011 |
| Systémové označení dodávky dat | CEP11-AV0-IA-U/01:1 |
| Datum dodání záznamu | 20.5.2011 |
| Účastníci projektu |
| Počet příjemců | 3 |
| Počet dalších účastníků projektu | 0 |
| Koordinující příjemce | Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i. |
| Řešitel | RNDr. Petr Bouř, CSc. (státní příslušnost: CZ - Česká republika; tel.: 220183348; fax: 220183583) |
| Příjemce / Organizační jednotka garantující řešení | Univerzita Karlova v Praze / Matematicko-fyzikální fakulta |
| Řešitel | Doc. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc. (státní příslušnost: CZ - Česká republika; tel.: 221911473; fax: 224922797) |
| Příjemce / Organizační jednotka garantující řešení | Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta chemicko-inženýrská |
| Řešitel | Doc. RNDr. Marie Urbanová, CSc. (státní příslušnost: CZ - Česká republika; tel.: 22044 3036; fax: 22044 4334) |
| Finance účastníků projektu |
| Poznámka: Finance účastníků projektu jsou sledovány od roku 2007 |
| Výše podpory ze státního rozpočtu | |
| Účastník | 2007 | 2008 | 2009 | 2010 |
|---|
| Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i. | 760 tis. Kč | 760 tis. Kč | 760 tis. Kč | 760 tis. Kč |
| Univerzita Karlova v Praze / Matematicko-fyzikální fakulta | 227 tis. Kč | 227 tis. Kč | 227 tis. Kč | 227 tis. Kč |
| Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta chemicko-inženýrská | 290 tis. Kč | 290 tis. Kč | 290 tis. Kč | 290 tis. Kč |
|
| Celkové uznané náklady | |
| Účastník | 2007 | 2008 | 2009 | 2010 |
|---|
| Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i. | 760 tis. Kč | 760 tis. Kč | 760 tis. Kč | 760 tis. Kč |
| Univerzita Karlova v Praze / Matematicko-fyzikální fakulta | 227 tis. Kč | 227 tis. Kč | 227 tis. Kč | 227 tis. Kč |
| Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta chemicko-inženýrská | 290 tis. Kč | 290 tis. Kč | 290 tis. Kč | 290 tis. Kč |
|
| Výsledky projektu v RIV |
| Počet výsledků v RIV | 56 |
| Výsledek druhu C | RIV/68378050:_____/11:00361112 - Carbohydrate-Containing Dendrimers in Biomedical Applications (2011) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/11:00360474 - Monitoring the Backbone Conformation of Valinomycin by Raman Optical Activity (2011) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/11:00359011 - Simulations of the Temperature Dependence of Amide I Vibration (2011) |
| Výsledek druhu J | RIV/60461373:22340/11:43881492 - Study of Stereoselective Interactions of Carbamoylated Quinine and Quinidine with 3,5-Dinitrobenzoyl alpha-Amino Acids Using VCD Spectroscopy in the Region of C-H Stretching Vibrations (2011) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/11:00359110 - Theoretical Modeling of Peptide .alpha.-Helical Circular Dichroism in Aqueous Solution (2011) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/10:00345973 - A Fourier Transform Method for Generation of Anharmonic Vibrational Molecular Spectra (2010) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/10:00348930 - A spectroscopic method to estimate the binding potency of amphiphile assemblies (2010) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/10:00352921 - Applications of the Cartesian Coordinate Tensor Transfer Technique in the Simulations of Vibrational Circular Dichroism Spectra of Oligonucleotides (2010) |
| Výsledek druhu J | RIV/60461373:22340/10:00023390 - Association of biotin with silver (I) in solution: a circular dichroism study (2010) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/10:00342468 - Computational analysis of solvent effects in NMR spectroscopy (2010) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/10:00343973 - Conformational Behavior of Simple Furanosides Studied by Optical Rotation (2010) |
| Výsledek druhu J | RIV/60461373:22340/10:00023391 - Enantioselective interaction of carbamoylated quinine and (S)-3,5-dinitrobenzoyl alanine: theoretical and experimental circular dichroism study (2010) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/10:00348939 - Formation and structure of the potassium complex of valinomycin in solution studied by Raman optical activity spectroscopy (2010) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/10:00343343 - Intramolecular Proton Transfer in Calixphyrin Derivatives (2010) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/10:00345980 - Side Chain and Flexibility Contributions to the Raman Optical Activity Spectra of a Model Cyclic Hexapeptide (2010) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/10:00342445 - Rearrangement of Dewar Benzene Derivatives Studied by DFT (2010) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/10:00342841 - Theoretical Modeling of Magnesium Ion Imprints in the Raman Scattering of Water (2010) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/10:00342839 - Theoretical Study of Vibrationally Averaged Dipole Moments for the Ground and Excited C=O Stretching States of trans-Formic Acid (2010) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/10:00346353 - Transferability of anharmonic force fields in simulations of molecular vibrations (2010) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/10:00343108 - Vibrational and Electronic optical Activity of the Chiral Disulphide Group: Implications for Disulphide Bridge Conformation (2010) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/09:00326805 - Infrared absorption detection of metal ion-deoxyguanosine monophosphate binding: Experimental and theoretical study (2009) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/09:00326850 - Interpretation of Raman and Raman Optical Activity Spectra of a Flexible Sugar Derivative, the Gluconic Acid Anion (2009) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/09:00326855 - L-Alanyl-L-alanine Conformational Changes Induced by pH As Monitored by the Raman Optical Activity Spectra (2009) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/09:00334402 - Modeling of a Tröger’s tweezer and its complexation properties (2009) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/09:00326798 - Molecular dynamics with restrictions derived from optical spectra (2009) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/09:00326802 - Relative importance of first and second derivatives of nuclear magnetic resonance chemical shifts and spin-spin coupling constants for vibrational averaging (2009) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/09:00326807 - Simulation of vibrational spectra of large molecules by arbitrary time propagation (2009) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/09:00332547 - Solvent dependence of the N-methylacetamide structure and force field (2009) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/09:00332605 - Structure of the Alanine Hydration Shell as Probed by NMR Chemical Shifts and Indirect Spin-Spin Coupling (2009) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/09:00338258 - TD-DFT Modeling of the Circular Dichroism for a Tryptophan Zipper Peptide with Coupled Aromatic Residues (2009) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/09:00324911 - Theoretical study of the effective chemical shielding anisotropy (CSA) in peptide backbone, rating the impact of CSAs on the cross-correlated relaxations in L-alanyl-L-alanine (2009) |
| Výsledek druhu J | RIV/60461373:22340/09:00021837 - Vibrational and electronic circular dichroism study of bile pigments: Complexes of bilirubin and biliverdin with metals (2009) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/09:00338262 - Vibrational Raman Optical Activity of 1-Phenylethanol and 1-Phenylethylamine: Revisiting Old Friends (2009) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/08:00311257 - Ab initio modeling of the electronic circular dichroism induced in porphyrin chromophores (2008) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/08:00313823 - The accuracy of local MP2 methods for conformational energies (2008) |
| Výsledek druhu D | RIV/60461373:22340/08:00020222 - Bilirubin and biliverdin: structural studies by electronic and vibrational circular dichroism (2008) |
| Výsledek druhu J | RIV/60461373:22340/08:00020210 - Chiral memory and self-replication study of porphyrin and bilirubin aggregates formed on polypeptide matrices (2008) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/08:00315658 - Circular Dichroism Enhancement in Large DNA Aggregates Simulated by a generalized oscillator model (2008) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/08:00312547 - Comparison of quantitative conformer analyses by nuclear magnetic resonance and raman optical activity spectra for model dipeptides (2008) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/08:00306283 - Conformational properties of the Pro-Gly motif in the D-Ala-L-Pro-Gly-D-Ala model peptide explored by a statistical analysis of the NMR, Raman, and Raman optical activity spectra (2008) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/08:00311279 - Dependence ofthe L-alanyl-L-alanine conformation on molecular charge determined from ab initio computations and NMR spectra (2008) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/08:00316599 - Dynamics and magnetic resonance properties of Sc3C2@C80 and its monoanion (2008) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/08:00311289 - Molecular dynamics simulation of chiral chromatography (2008) |
| Výsledek druhu J | RIV/67985858:_____/08:00313938 - Probing the flexibility of internal rotation in silylated phenols with the NMR scalar spin-spin coupling constants (2008) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/08:00315508 - Quasiplanarity of the peptide bond (2008) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/08:00312938 - Stereochemical preference of nucleophillic cleavage in methyl erythrofuranosides explained by density functional theory computations (2008) |
| Výsledek druhu J | RIV/60461373:22340/08:00020223 - Stereoselective bile pigment binding to polypeptides (2008) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/08:00315675 - Vibrational circulardichroism and IR spectral analysis as a test of theoretical conformational modeling for a cyclic hexapeptide (2008) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/07:00087190 - Anharmonic effects in IR, Raman, and Raman optical activity spectra of alanine and proline zwitterions (2007) |
| Výsledek druhu J | RIV/60461373:22340/07:00018103 - Bile pigment complexes with cyclodextrins: electronic and vibrational circular dichroism study (2007) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/07:00087176 - DNA oligonucleotide-cis-platin Binding: Ab initio interpretation of the vibrational spectra (2007) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/07:00087153 - Force field modeling of amino acid conformational energies (2007) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/07:00087242 - Interpretation of synchrotron radiation circular dichroism spectra of anionic, cationic, and zwitterionic dialanine forms (2007) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/07:00087266 - Matrix formulation of the surface-enhanced Raman optical activity theory (2007) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/07:00087183 - Simulations of vibrational spectra from classical trajectories: Calibration with ab initio force fields (2007) |
| Výsledek druhu J | RIV/61388963:_____/07:00086635 - Spectroscopic properties of the nonplanar amide group: A computational study (2007) |