| | |
|---|
| Údaje o projektu |
| Identifikační kód | GA204/07/1030 |
| Důvěrnost údajů | S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů |
| Název v původním jazyce | Integrační preference retrovirů |
| Poskytovatel | GA0 - Grantová agentura České republiky (GA ČR) |
| Program | GA - Standardní projekty (1993-…) |
| Kategorie VaV | ZV - Základní výzkum |
| Hlavní obor | EB - Genetika a molekulární biologie |
| Vedlejší obor | EE - Mikrobiologie, virologie |
| Další vedlejší obor | FD - Onkologie a hematologie |
| Zahájení řešení | 1.1.2007 |
| Ukončení řešení | 31.12.2009 |
| Datum posledního uvolnění účelové podpory | 22.4.2009 |
| Číslo smlouvy | 204/07/1030 |
| Poslední stav řešení | U - Ukončený projekt, tj. jednoletý nebo víceletý projekt, který skončil v předcházejícím roce, v příslušném roce sběru dat jsou dodány údaje vztahující se k jeho ukončení |
| Finance projektu | |
| Období | 2007 | 2008 | 2009 | celkem |
|---|
| Výše podpory ze státního rozpočtu | 1 339 tis. Kč | 1 400 tis. Kč | 1 479 tis. Kč | 4 218 tis. Kč |
| Celkové uznané náklady | 1 339 tis. Kč | 1 400 tis. Kč | 1 479 tis. Kč | 4 218 tis. Kč |
| Typ | skutečně čerpané | skutečně čerpané | skutečně čerpané |
|
| Druh soutěže | VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji |
| Veřejná soutěž ve výzkumu, vývoji a inovacích | SGA02007GA-ST - Veřejná soutěž (GA0/GA) |
| Cíle řešení v původním jazyce | Pomocí mapování klonovaných integračních míst jsme zjistili, že proviry HIV-1 se integrují přednostně do GC bohatých oblastí genomu, s velkou hustotou genů v cytogenetických R pruzích. Již jsme také sekvenovali 57 integračních míst viru Rousova sarkomu (RSV) a zamapovali je do kuřecího genomu. To může být zajímavé pro využití RSV jako genového vektoru a pro evoluční srovnání. Základní vlastností kuřecího genomu je přítomnost mikrochromozómů a velká hustota genů. Nehledě na významná metodická vylepšení,stále existuje potřeba spolehlivé, nepředpojaté a účinné techniky sekvenční analýzy integračních míst. Navrhujeme proto alternativní přístup, založený na schopnosti restrikčních endonukleáz typu II štěpit cílovou DNA několik nukleotidů "downstream" od rozpoznávané sekvence. Integrace retroviru s vloženým restrikčním místem na konec U5 segmentu 3´LTR umožní klonování krátkého spojeného fragmentu LTR a přilehlé buněčné DNA. Dále zavedeme metodiku pro identifikaci cílových míst integrace dovolujících |
| Klíčová slova v anglickém jazyce | Retroviruses; integration targeting; integration sites; cloning; sequencing |
| Hodnocení výsledků | U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory |
| Zhodnocení výsledků řešení česky | Postup řešení projektu a získané výsledky odpovídají původnímu záměru a odrážejí upřesnění plánu prací na jednotlivé roky v rámci DZ. Výstupy projektu jsou dvě publikace (jedna vyšlá v roce 2008, druhá doložená dodatečně zaslanou korekturou v březnu 2010) |
| Rok dodání údajů do CEP | 2010 |
| Systémové označení dodávky dat | CEP10-GA0-GA-U/01:1 |
| Datum dodání záznamu | 22.12.2011 |
| Účastníci projektu |
| Počet příjemců | 1 |
| Počet dalších účastníků projektu | 0 |
| Příjemce | Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. |
| Řešitel | Ing. Jiří Plachý, CSc. (státní příslušnost: CZ - Česká republika; tel.: 296 443 442; fax: 224 310 955) |
| Finance účastníků projektu |
| Poznámka: Finance účastníků projektu jsou sledovány od roku 2007 |
| Výše podpory ze státního rozpočtu | |
| Účastník | 2007 | 2008 | 2009 |
|---|
| Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. | 1 339 tis. Kč | 1 400 tis. Kč | 1 479 tis. Kč |
|
| Celkové uznané náklady | |
| Účastník | 2007 | 2008 | 2009 |
|---|
| Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. | 1 339 tis. Kč | 1 400 tis. Kč | 1 479 tis. Kč |
|
| Výsledky projektu v RIV |
| Počet výsledků v RIV | 3 |
| Výsledek druhu J | RIV/68378050:_____/10:00346752 - Proviruses selected for high and stable expression of transduced genes accumulate in broadly transcribed genome areas (2010) |
| Výsledek druhu J | RIV/68378050:_____/10:00347089 - The transcription factor EGR1 regulates metastatic potential of v-src transformed sarcoma cells (2010) |
| Výsledek druhu J | RIV/68378050:_____/08:00318320 - Target site preference of subgroup C Rous sarcoma virus integration into the chicken DNA (2008) |
nebo telefonním čísle 224 234 797 (v pracovních dnech 8-16 hod.).